Las lagunas de Amuyo, ubicadas en las cercanías del poblado de Camiña, son la expresión superficial de un sistema hidrotermal profundo donde fluidos a altas temperaturas circulan por rocas volcánicas muy permeables de la Formación Oxaya, del Oligoceno-Mioceno. Esta circulación provoca que se disuelvan ciertos minerales presentes en esas rocas y, a su vez, el aumento de la salinidad y concentración de algunos elementos y compuestos en estos fluidos.
El ascenso de estos fluidos y la precipitación constante de sales, durante el lapso Mioceno Medio-Presente, dan forma a rocas termales de manantial, las que consisten en gruesas costras de colores muy llamativos, que dan el nombre a estas lagunas. Dependiendo de la composición del fluido, estas costras pueden ser verde-amarillentas, si son ricas en el mineral conocido como oropimente, o anaranjadas-rojizas, si en ellas abunda el rejalgar. La continua acumulación de costras ha generado una estructura de domo de unos 400 m de diámetro que se eleva unos 15 m sobre el nivel del río Caritaya.
Además, estos ambientes extremos y únicos albergan colonias de bacterias que soportan las altas temperaturas y concentraciones salinas de las lagunas (la laguna Roja tiene una temperatura máxima de 57 ºC medida a 11 m de profundidad). Estas comunidades bacterianas, conocidas como termófilas por su tolerancia a altas temperaturas, generan estructuras orgánicas denominadas estromatolitos y trombolitos. Debido a la presencia de este tipo de organismos en la Tierra desde hace unos 3.500 millones de años, el estudio de las colonias de este geositio es fundamental para la comprensión del origen y desarrollo de la vida terrestre y la posibilidad de vida extraterrestre.
Debido a lo peculiar de los tonos de sus aguas y depósitos, lo llamativo de su morfología y el contraste con su entorno opaco, estas lagunas son un espacio ritual para las comunidades originarias, lo que ha generado nutridos relatos e imaginarios asociados a ellas, además de constituir un gran atractivo turístico local.